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language: R
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contributors:
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- ["e99n09", "http://github.com/e99n09"]
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- ["isomorphismes", "http://twitter.com/isomorphisms"]
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translators:
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- ["Anne-Catherine Dehier", "https://github.com/spellart"]
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filename: learnr-fr.r
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R est un langage de programmation statistique. Il dispose de nombreuses
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librairies pour le téléchargement et le nettoyage d'ensembles de données,
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l'exécution de procédures statistiques, et la réalisation de graphiques.
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On peut également exécuter les commmandes `R` au sein d'un document LaTeX.
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2014-12-07 03:47:25 +03:00
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```r
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# Les commentaires commencent avec des symboles numériques.
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# Il n'est pas possible de faire des commentaires multilignes,
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# mais on peut superposer plusieurs commentaires comme ceci.
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# Sur Windows ou Mac, taper COMMAND-ENTER pour exécuter une ligne
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# Les choses que vous pouvez faire sans rien comprendre
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# à la programmation
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2014-12-07 03:47:25 +03:00
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# Dans cette section, nous vous montrons quelques trucs cools que vous
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# pouvez faire avec R sans rien comprendre à la programmation.
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# Ne vous inquiétez pas si vous ne comprenez pas tout ce que le code fait.
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# Profitez simplement !
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2015-05-04 03:44:23 +03:00
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data() # parcours les ensembles de données préchargées
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data(rivers) # récupère ceci : "Lengths of Major North American Rivers"
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ls() # notez que "rivers" apparaît maintenant dans votre espace de travail
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head(rivers) # donne un aperçu des données
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2014-12-07 03:47:25 +03:00
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# 735 320 325 392 524 450
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length(rivers) # Combien de rivers ont été mesurées ?
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# 141
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2015-05-04 03:44:23 +03:00
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summary(rivers) # Quels sont les principales données statistiques ?
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# Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max.
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# 135.0 310.0 425.0 591.2 680.0 3710.0
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2014-12-07 03:47:25 +03:00
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# Fait un diagramme à tiges et à feuilles (visualisation de données de
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2015-05-04 03:44:23 +03:00
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# types histogramme)
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2014-12-07 03:47:25 +03:00
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stem(rivers)
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# Le point décimal est de 2 chiffres à droite du |
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#
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# 0 | 4
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# 2 | 011223334555566667778888899900001111223333344455555666688888999
|
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# 4 | 111222333445566779001233344567
|
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# 6 | 000112233578012234468
|
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# 8 | 045790018
|
|
|
|
# 10 | 04507
|
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# 12 | 1471
|
|
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# 14 | 56
|
|
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# 16 | 7
|
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|
|
# 18 | 9
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2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
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# 20 |
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
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# 22 | 25
|
|
|
|
# 24 | 3
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
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# 26 |
|
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|
# 28 |
|
|
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# 30 |
|
|
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|
# 32 |
|
|
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|
# 34 |
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2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
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# 36 | 1
|
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2015-05-04 03:44:23 +03:00
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stem(log(rivers)) # Notez que les données ne sont ni normales
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# ni lognormales !
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# Prenez-ça, la courbe en cloche
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2014-12-07 03:47:25 +03:00
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# Le point décimal est à 1 chiffre à gauche du |
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|
#
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# 48 | 1
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2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
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# 50 |
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
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# 52 | 15578
|
|
|
|
# 54 | 44571222466689
|
|
|
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# 56 | 023334677000124455789
|
|
|
|
# 58 | 00122366666999933445777
|
|
|
|
# 60 | 122445567800133459
|
|
|
|
# 62 | 112666799035
|
|
|
|
# 64 | 00011334581257889
|
|
|
|
# 66 | 003683579
|
|
|
|
# 68 | 0019156
|
|
|
|
# 70 | 079357
|
|
|
|
# 72 | 89
|
|
|
|
# 74 | 84
|
|
|
|
# 76 | 56
|
|
|
|
# 78 | 4
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
# 80 |
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
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# 82 | 2
|
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# Fais un histogramme :
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2015-05-04 03:44:23 +03:00
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hist(rivers, col="#333333", border="white", breaks=25) # amusez-vous avec ces paramètres
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2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
hist(log(rivers), col="#333333", border="white", breaks=25) # vous ferez plus de tracés plus tard
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|
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
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|
# Ici d'autres données qui viennent préchargées. R en a des tonnes.
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2014-12-07 03:47:25 +03:00
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data(discoveries)
|
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plot(discoveries, col="#333333", lwd=3, xlab="Year",
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main="Number of important discoveries per year")
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|
|
|
plot(discoveries, col="#333333", lwd=3, type = "h", xlab="Year",
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|
|
|
main="Number of important discoveries per year")
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# Plutôt que de laisser l'ordre par défaut (par années)
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# Nous pourrions aussi trier pour voir ce qu'il y a de typique
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sort(discoveries)
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# [1] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2
|
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|
|
# [26] 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 3 3 3
|
|
|
|
# [51] 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 4 4 4 4 4 4 4 4
|
|
|
|
# [76] 4 4 4 4 5 5 5 5 5 5 5 6 6 6 6 6 6 7 7 7 7 8 9 10 12
|
|
|
|
|
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|
|
stem(discoveries, scale=2)
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
#
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
# Le point décimale est à la |
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|
|
|
#
|
|
|
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# 0 | 000000000
|
|
|
|
# 1 | 000000000000
|
|
|
|
# 2 | 00000000000000000000000000
|
|
|
|
# 3 | 00000000000000000000
|
|
|
|
# 4 | 000000000000
|
|
|
|
# 5 | 0000000
|
|
|
|
# 6 | 000000
|
|
|
|
# 7 | 0000
|
|
|
|
# 8 | 0
|
|
|
|
# 9 | 0
|
|
|
|
# 10 | 0
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
# 11 |
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
# 12 | 0
|
|
|
|
|
|
|
|
max(discoveries)
|
|
|
|
# 12
|
|
|
|
summary(discoveries)
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
# Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max.
|
|
|
|
# 0.0 2.0 3.0 3.1 4.0 12.0
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
# Lance un dès plusieurs fois
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
round(runif(7, min=.5, max=6.5))
|
|
|
|
# 1 4 6 1 4 6 4
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
# Vos numéros diffèreront des miens à moins que nous mettions
|
|
|
|
# le même random.seed(31337)
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
|
|
|
|
# Dessine à partir d'une normale Gaussienne 9 fois
|
|
|
|
rnorm(9)
|
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|
# [1] 0.07528471 1.03499859 1.34809556 -0.82356087 0.61638975 -1.88757271
|
|
|
|
# [7] -0.59975593 0.57629164 1.08455362
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
##############################################################
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
# les types de données et l'arithmétique de base
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
##############################################################
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
|
|
|
|
# Maintenant pour la partie orientée programmation du tutoriel.
|
|
|
|
# Dans cette section vous rencontrerez les types de données importants de R :
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# les entiers, les numériques, les caractères, les logiques, et les facteurs.
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# LES ENTIERS
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# Les entiers de mémoire longue sont écrit avec L
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5L # 5
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class(5L) # "integer"
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
# (Essayez ?class pour plus d'informations sur la fonction class().)
|
|
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|
# Avec R, chaque valeur seule, comme 5L, est considéré comme
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|
|
# un vecteur de longueur 1
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
length(5L) # 1
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
# On peut avoir un vecteur d'entiers avec une longueur > 1 :
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
c(4L, 5L, 8L, 3L) # 4 5 8 3
|
|
|
|
length(c(4L, 5L, 8L, 3L)) # 4
|
|
|
|
class(c(4L, 5L, 8L, 3L)) # "integer"
|
|
|
|
|
|
|
|
# LES NUMÉRIQUES
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
# Un "numeric" est un nombre à virgule flottante d'une précision double
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
5 # 5
|
|
|
|
class(5) # "numeric"
|
|
|
|
# Encore une fois, tout dans R est un vecteur ;
|
|
|
|
# Vous pouvez faire un vecteur numérique avec plus d'un élément
|
|
|
|
c(3,3,3,2,2,1) # 3 3 3 2 2 1
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
# Vous pouvez aussi utiliser la notation scientifique
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
5e4 # 50000
|
|
|
|
6.02e23 # nombre d'Avogadro
|
|
|
|
1.6e-35 # longueur de Planck
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|
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|
# Vous pouvez également avoir des nombres infiniments grands ou petits
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class(Inf) # "numeric"
|
|
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|
class(-Inf) # "numeric"
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|
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# Vous pouvez utiliser "Inf", par exemple, dans integrate(dnorm, 3, Inf);
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|
# Ça permet d'éviter des tableaux Z-scores.
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|
|
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|
|
# ARITHMÉTIQUES DE BASE
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|
# Vous pouvez faire de l'arithmétique avec des nombres
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2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
# Faire des opérations arithmétiques en mixant des entiers
|
|
|
|
# et des numériques
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
# donne un autre numérique
|
|
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10L + 66L # 76 # un entier plus un entier donne un entier
|
|
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|
53.2 - 4 # 49.2 # un numérique moins un numérique donne un numérique
|
|
|
|
2.0 * 2L # 4 # un numérique multiplié par un entier donne un numérique
|
|
|
|
3L / 4 # 0.75 # un entier sur un numérique donne un numérique
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
3 %% 2 # 1 # le reste de deux numériques est un autre numérique
|
|
|
|
# Les opérations arithmétiques illégales donnent un "Not A Number" :
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2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
0 / 0 # NaN
|
|
|
|
class(NaN) # "numeric"
|
|
|
|
# Vous pouvez faire des opérations arithmétiques avec deux vecteurs d'une
|
|
|
|
# longueur plus grande que 1, à condition que la longueur du plus grand
|
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|
# vecteur soit un multiple entier du plus petit
|
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c(1,2,3) + c(1,2,3) # 2 4 6
|
|
|
|
|
|
|
|
# LES CARACTÈRES
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
# Il n'y a pas de différences entre les chaînes de caractères et
|
|
|
|
# les caractères en R
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
"Horatio" # "Horatio"
|
|
|
|
class("Horatio") # "character"
|
|
|
|
class('H') # "character"
|
|
|
|
# Ceux-ci sont tous les deux des vecteurs de longueur 1
|
|
|
|
# Ici un plus long :
|
|
|
|
c('alef', 'bet', 'gimmel', 'dalet', 'he')
|
|
|
|
# =>
|
|
|
|
# "alef" "bet" "gimmel" "dalet" "he"
|
|
|
|
length(c("Call","me","Ishmael")) # 3
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
# Vous pouvez utiliser des expressions rationnelles sur les vecteurs de caractères :
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
substr("Fortuna multis dat nimis, nulli satis.", 9, 15) # "multis "
|
|
|
|
gsub('u', 'ø', "Fortuna multis dat nimis, nulli satis.") # "Fortøna møltis dat nimis, nølli satis."
|
|
|
|
# R possède plusieurs vecteurs de caractères préconstruits :
|
|
|
|
letters
|
|
|
|
# =>
|
|
|
|
# [1] "a" "b" "c" "d" "e" "f" "g" "h" "i" "j" "k" "l" "m" "n" "o" "p" "q" "r" "s"
|
|
|
|
# [20] "t" "u" "v" "w" "x" "y" "z"
|
|
|
|
month.abb # "Jan" "Feb" "Mar" "Apr" "May" "Jun" "Jul" "Aug" "Sep" "Oct" "Nov" "Dec"
|
|
|
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|
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|
# LES TYPES LOGIQUES
|
|
|
|
# En R, un "logical" est un booléen
|
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class(TRUE) # "logical"
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|
class(FALSE) # "logical"
|
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|
|
# Leur comportement est normal
|
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TRUE == TRUE # TRUE
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TRUE == FALSE # FALSE
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|
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FALSE != FALSE # FALSE
|
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|
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FALSE != TRUE # TRUE
|
|
|
|
# Les données manquantes (NA) sont logiques également
|
|
|
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class(NA) # "logical"
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
# On utilise | et & pour les operations logiques.
|
|
|
|
# OR
|
|
|
|
TRUE | FALSE # TRUE
|
|
|
|
# AND
|
|
|
|
TRUE & FALSE # FALSE
|
|
|
|
# Vous pouvez tester si x est TRUE
|
|
|
|
isTRUE(TRUE) # TRUE
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
# Ici nous avons un vecteur de type logique avec plusieurs éléments :
|
|
|
|
c('Z', 'o', 'r', 'r', 'o') == "Zorro" # FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
|
|
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|
c('Z', 'o', 'r', 'r', 'o') == "Z" # TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE
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# LES FACTEURS
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2015-05-04 03:44:23 +03:00
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# La classe facteur sert pour les données catégorielles
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# les facteurs peuvent être ordonnés (comme les niveaux de
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# catégorie d'enfants)
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2014-12-07 03:47:25 +03:00
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# ou non ordonnés (comme le sexe)
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factor(c("female", "female", "male", NA, "female"))
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# female female male <NA> female
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# Les niveaux : female male
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2015-05-04 03:44:23 +03:00
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# Les "levels" sont les valeurs que les données catégorielles
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# peuvent prendre
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# Notez que les données manquantes n'entrent pas dans le niveau
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2014-12-07 03:47:25 +03:00
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levels(factor(c("male", "male", "female", NA, "female"))) # "female" "male"
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2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
# Si le vecteur de facteurs a une longueur 1, ses niveaux seront
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# de longueur 1 également
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2014-12-07 03:47:25 +03:00
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length(factor("male")) # 1
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length(levels(factor("male"))) # 1
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2015-05-04 03:44:23 +03:00
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# On rencontre communément des facteurs dans des "data frame",
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# un type de données que nous couvrirons plus tard
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2014-12-07 03:47:25 +03:00
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data(infert) # "Infertility after Spontaneous and Induced Abortion"
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levels(infert$education) # "0-5yrs" "6-11yrs" "12+ yrs"
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# NULL
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# "NULL" est bizarre ; on l'utilise pour effacer un vecteur
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class(NULL) # NULL
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2015-05-04 03:44:23 +03:00
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parakeet = c("beak", "feathers", "wings", "eyes")
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2014-12-07 03:47:25 +03:00
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|
parakeet
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# =>
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2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
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# [1] "beak" "feathers" "wings" "eyes"
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2014-12-07 03:47:25 +03:00
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parakeet <- NULL
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|
parakeet
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|
|
# =>
|
|
|
|
# NULL
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|
# LES CONTRAINTES DE TYPES
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2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
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|
# Les contraintes de types servent à forcer une valeur à prendre
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|
# un type différent
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2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
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as.character(c(6, 8)) # "6" "8"
|
|
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as.logical(c(1,0,1,1)) # TRUE FALSE TRUE TRUE
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2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
# Si vous mettez des éléments de différents types dans un vecteur,
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|
# des coercitions bizarres se produisent :
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2014-12-07 03:47:25 +03:00
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c(TRUE, 4) # 1 4
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c("dog", TRUE, 4) # "dog" "TRUE" "4"
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as.numeric("Bilbo")
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# =>
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# [1] NA
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# Message d'avertissement :
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# NAs est introduit par coercition
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# Notez également : ce n'étaient que des types de données basiques
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2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
# Il y a beaucoup d'autres types de données, comme pour les dates,
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|
|
# les séries temporelles, etc ...
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2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
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2015-05-04 03:44:23 +03:00
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#######################################
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
# Variables, boucles , if/else
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
#######################################
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
# Une variable est comme une boîte dans laquelle on garde une valeur
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|
|
# pour l'utiliser plus tard.
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2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
# Nous appellons ça "assigner" une valeur à une variable.
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2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
# Avoir des variables nous permet d'écrire des boucles, des fonctions, et
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2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
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|
# des instructions conditionnelles (if/else)
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# LES VARIABLES
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# Beaucoup de façons d'assigner des choses :
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x = 5 # c'est possible
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y <- "1" # c'est préféré
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TRUE -> z # ça marche mais c'est bizarre
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# LES BOUCLES
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# Il y a les boucles for :
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for (i in 1:4) {
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print(i)
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}
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|
# Il y a les boucles while :
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a <- 10
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while (a > 4) {
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
cat(a, "...", sep = "")
|
|
|
|
a <- a - 1
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
}
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
# Gardez à l'esprit que les boucles for et while s'exécutent lentement
|
|
|
|
# en R
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|
# Des opérations sur des vecteurs entiers (ex une ligne entière,
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|
# une colonne entière),
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|
# ou les fonctions de type apply() (nous en parlerons plus tard),
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|
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|
# sont préférées
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2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
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|
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# IF/ELSE
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|
|
# Encore une fois assez standard
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if (4 > 3) {
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
print("4 is greater than 3")
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
} else {
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
print("4 is not greater than 3")
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
}
|
|
|
|
# =>
|
|
|
|
# [1] "4 is greater than 3"
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|
# LES FONCTIONS
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# se définissent comme ceci :
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jiggle <- function(x) {
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2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
x = x + rnorm(1, sd=.1) #add in a bit of (controlled) noise
|
|
|
|
return(x)
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
}
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
# Appelées comme n'importe quelles autres fonction R :
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
jiggle(5) # 5±ε. After set.seed(2716057), jiggle(5)==5.005043
|
|
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|
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
##########################################################################
|
|
|
|
# Les structures de données : les vecteurs, les matrices,
|
|
|
|
# les data frame et les tableaux
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##########################################################################
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
|
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|
|
# À UNE DIMENSION
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|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
# Commençons par le tout début, et avec quelque chose que
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|
|
|
# vous connaissez déjà : les vecteurs.
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
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vec <- c(8, 9, 10, 11)
|
|
|
|
vec # 8 9 10 11
|
|
|
|
# Nous demandons des éléments spécifiques en les mettant entre crochets
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
# (Notez que R commence à compter à partir de 1)
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
vec[1] # 8
|
|
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|
letters[18] # "r"
|
|
|
|
LETTERS[13] # "M"
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|
|
|
month.name[9] # "September"
|
|
|
|
c(6, 8, 7, 5, 3, 0, 9)[3] # 7
|
|
|
|
# Nous pouvons également rechercher des indices de composants spécifiques,
|
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|
|
which(vec %% 2 == 0) # 1 3
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
# Récupèrer seulement les premières ou dernières entrées du vecteur,
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
head(vec, 1) # 8
|
|
|
|
tail(vec, 2) # 10 11
|
|
|
|
# ou trouver si un certaine valeur est dans le vecteur
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|
any(vec == 10) # TRUE
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|
# Si un index "dépasse" vous obtiendrez NA :
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|
vec[6] # NA
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|
|
# Vous pouvez trouver la longueur de votre vecteur avec length()
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|
|
length(vec) # 4
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
# Vous pouvez réaliser des opérations sur des vecteurs entiers ou des
|
|
|
|
# sous-ensembles de vecteurs
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
vec * 4 # 16 20 24 28
|
|
|
|
vec[2:3] * 5 # 25 30
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|
any(vec[2:3] == 8) # FALSE
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|
|
# Et R a beaucoup de fonctions préconstruites pour résumer les vecteurs
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mean(vec) # 9.5
|
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|
var(vec) # 1.666667
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|
|
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sd(vec) # 1.290994
|
|
|
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max(vec) # 11
|
|
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|
min(vec) # 8
|
|
|
|
sum(vec) # 38
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|
|
|
# Quelques fonctions préconstruites sympas supplémentaires :
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|
5:15 # 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
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|
seq(from=0, to=31337, by=1337)
|
|
|
|
# =>
|
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|
# [1] 0 1337 2674 4011 5348 6685 8022 9359 10696 12033 13370 14707
|
|
|
|
# [13] 16044 17381 18718 20055 21392 22729 24066 25403 26740 28077 29414 30751
|
|
|
|
|
|
|
|
# À DEUX DIMENSIONS (TOUT DANS UNE CLASSE)
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|
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|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
# Vous pouvez créer une matrice à partir d'entrées du même type comme ceci :
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
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|
mat <- matrix(nrow = 3, ncol = 2, c(1,2,3,4,5,6))
|
|
|
|
mat
|
|
|
|
# =>
|
|
|
|
# [,1] [,2]
|
|
|
|
# [1,] 1 4
|
|
|
|
# [2,] 2 5
|
|
|
|
# [3,] 3 6
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
# Différemment du vecteur, la classe d'une matrice est "matrix",
|
|
|
|
# peut importe ce qu'elle contient
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
class(mat) # => "matrix"
|
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|
|
# Demander la première ligne
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|
mat[1,] # 1 4
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|
# Réaliser une opération sur la première colonne
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|
3 * mat[,1] # 3 6 9
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
# Demander une cellule spécifique
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
mat[3,2] # 6
|
|
|
|
|
|
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|
# Transposer la matrice entière
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t(mat)
|
|
|
|
# =>
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# [,1] [,2] [,3]
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# [1,] 1 2 3
|
|
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|
# [2,] 4 5 6
|
|
|
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|
# La multiplication de matrices
|
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mat %*% t(mat)
|
|
|
|
# =>
|
|
|
|
# [,1] [,2] [,3]
|
|
|
|
# [1,] 17 22 27
|
|
|
|
# [2,] 22 29 36
|
|
|
|
# [3,] 27 36 45
|
|
|
|
|
|
|
|
# cbind() colle des vecteurs ensemble en colonne pour faire une matrice
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|
|
mat2 <- cbind(1:4, c("dog", "cat", "bird", "dog"))
|
|
|
|
mat2
|
|
|
|
# =>
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
# [,1] [,2]
|
|
|
|
# [1,] "1" "dog"
|
|
|
|
# [2,] "2" "cat"
|
|
|
|
# [3,] "3" "bird"
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
# [4,] "4" "dog"
|
|
|
|
class(mat2) # matrix
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
# Encore une fois regardez ce qui se passe !
|
|
|
|
# Parce que les matrices peuvent contenir des entrées de toutes sortes de
|
|
|
|
# classes, tout sera converti en classe caractère
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
c(class(mat2[,1]), class(mat2[,2]))
|
|
|
|
|
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|
# rbind() colle des vecteurs ensemble par lignes pour faire une matrice
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|
mat3 <- rbind(c(1,2,4,5), c(6,7,0,4))
|
|
|
|
mat3
|
|
|
|
# =>
|
|
|
|
# [,1] [,2] [,3] [,4]
|
|
|
|
# [1,] 1 2 4 5
|
|
|
|
# [2,] 6 7 0 4
|
|
|
|
# Ah, tout de la même classe. Pas de coercitions. Beaucoup mieux.
|
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|
|
|
|
|
|
# À DEUX DIMENSIONS (DE CLASSES DIFFÉRENTES)
|
|
|
|
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
# Pour des colonnes de différents types, utiliser une data frame
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
# Cette structure de données est si utile pour la programmation statistique,
|
|
|
|
# qu'une version a été ajoutée à Python dans le paquet "pandas".
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students <- data.frame(c("Cedric","Fred","George","Cho","Draco","Ginny"),
|
|
|
|
c(3,2,2,1,0,-1),
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|
|
|
c("H", "G", "G", "R", "S", "G"))
|
|
|
|
names(students) <- c("name", "year", "house") # name the columns
|
|
|
|
class(students) # "data.frame"
|
|
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|
students
|
|
|
|
# =>
|
|
|
|
# name year house
|
|
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|
# 1 Cedric 3 H
|
|
|
|
# 2 Fred 2 G
|
|
|
|
# 3 George 2 G
|
|
|
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# 4 Cho 1 R
|
|
|
|
# 5 Draco 0 S
|
|
|
|
# 6 Ginny -1 G
|
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|
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class(students$year) # "numeric"
|
|
|
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class(students[,3]) # "factor"
|
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|
# Trouver les dimensions
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|
nrow(students) # 6
|
|
|
|
ncol(students) # 3
|
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|
|
dim(students) # 6 3
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
# La fonction data.frame() convertit les vecteurs caractères en vecteurs de
|
|
|
|
# facteurs par défaut; désactiver cette fonction en règlant
|
|
|
|
# stringsAsFactors = FALSE quand vous créer la data.frame
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
?data.frame
|
|
|
|
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
# Il y a plusieurs façons de subdiviser les trames de données
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
# toutes subtilement différentes
|
|
|
|
students$year # 3 2 2 1 0 -1
|
|
|
|
students[,2] # 3 2 2 1 0 -1
|
|
|
|
students[,"year"] # 3 2 2 1 0 -1
|
|
|
|
|
|
|
|
# Une version augmentée de la structure data.frame est data.table
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
# Si vous travaillez avec des données volumineuses ou des panels, ou avez
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
# besoin de fusionner quelques ensembles de données, data.table peut être
|
|
|
|
# un bon choix. Ici un tour éclair :
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
install.packages("data.table") # télécharge le paquet depuis CRAN
|
|
|
|
require(data.table) # le charge
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
students <- as.data.table(students)
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
students # regardez la différence à l'impression
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
# =>
|
|
|
|
# name year house
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# 1: Cedric 3 H
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# 2: Fred 2 G
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# 3: George 2 G
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# 4: Cho 1 R
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# 5: Draco 0 S
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# 6: Ginny -1 G
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2015-05-04 03:44:23 +03:00
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students[name=="Ginny"] # obtiens les lignes avec name == "Ginny"
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2014-12-07 03:47:25 +03:00
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# =>
|
|
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|
# name year house
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|
|
|
# 1: Ginny -1 G
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2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
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|
students[year==2] # obtiens les lignes avec year == 2
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
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# =>
|
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# name year house
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# 1: Fred 2 G
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# 2: George 2 G
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# data.table facilite la fusion entre deux ensembles de données
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2015-05-04 03:44:23 +03:00
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# Faisons une autre data.table pour fusionner students
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2014-12-07 03:47:25 +03:00
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founders <- data.table(house=c("G","H","R","S"),
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founder=c("Godric","Helga","Rowena","Salazar"))
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founders
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# =>
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# house founder
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# 1: G Godric
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# 2: H Helga
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# 3: R Rowena
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# 4: S Salazar
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setkey(students, house)
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setkey(founders, house)
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2015-05-04 03:44:23 +03:00
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students <- founders[students] # merge les deux ensembles de données qui matchent "house"
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2014-12-07 03:47:25 +03:00
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setnames(students, c("house","houseFounderName","studentName","year"))
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students[,order(c("name","year","house","houseFounderName")), with=F]
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# =>
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# studentName year house houseFounderName
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# 1: Fred 2 G Godric
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# 2: George 2 G Godric
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# 3: Ginny -1 G Godric
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# 4: Cedric 3 H Helga
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# 5: Cho 1 R Rowena
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# 6: Draco 0 S Salazar
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2015-05-04 03:44:23 +03:00
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# data.table facilite le résumé des tableaux
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2014-12-07 03:47:25 +03:00
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students[,sum(year),by=house]
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|
# =>
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# house V1
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# 1: G 3
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# 2: H 3
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# 3: R 1
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# 4: S 0
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# Pour supprimer une colonne d'une data.frame ou data.table,
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# assignez-lui la valeur NULL
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students$houseFounderName <- NULL
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|
students
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|
# =>
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# studentName year house
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# 1: Fred 2 G
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|
# 2: George 2 G
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# 3: Ginny -1 G
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# 4: Cedric 3 H
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# 5: Cho 1 R
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# 6: Draco 0 S
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2015-05-04 03:44:23 +03:00
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# Supprimer une ligne en subdivisant
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2014-12-07 03:47:25 +03:00
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|
# En utilisant data.table :
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|
students[studentName != "Draco"]
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# =>
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# house studentName year
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# 1: G Fred 2
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# 2: G George 2
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# 3: G Ginny -1
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# 4: H Cedric 3
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# 5: R Cho 1
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# En utilisant data.frame :
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students <- as.data.frame(students)
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|
students[students$house != "G",]
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|
# =>
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# house houseFounderName studentName year
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# 4 H Helga Cedric 3
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|
# 5 R Rowena Cho 1
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# 6 S Salazar Draco 0
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# MULTI-DIMENSIONNELLE (TOUS ÉLÉMENTS D'UN TYPE)
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# Les arrays créent des tableaux de n dimensions
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|
# Tous les éléments doivent être du même type
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|
# Vous pouvez faire un tableau à 2 dimensions (une sorte de matrice)
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array(c(c(1,2,4,5),c(8,9,3,6)), dim=c(2,4))
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|
|
|
# =>
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|
|
# [,1] [,2] [,3] [,4]
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# [1,] 1 4 8 3
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|
# [2,] 2 5 9 6
|
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|
# Vous pouvez utiliser array pour faire des matrices à 3 dimensions aussi
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|
array(c(c(c(2,300,4),c(8,9,0)),c(c(5,60,0),c(66,7,847))), dim=c(3,2,2))
|
|
|
|
# =>
|
|
|
|
# , , 1
|
|
|
|
#
|
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|
# [,1] [,2]
|
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# [1,] 2 8
|
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|
# [2,] 300 9
|
|
|
|
# [3,] 4 0
|
|
|
|
#
|
|
|
|
# , , 2
|
|
|
|
#
|
|
|
|
# [,1] [,2]
|
|
|
|
# [1,] 5 66
|
|
|
|
# [2,] 60 7
|
|
|
|
# [3,] 0 847
|
|
|
|
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
# LES LISTES (MULTI-DIMENSIONNELLES, ÉVENTUELLEMMENT DÉCHIRÉES,
|
|
|
|
# DE DIFFÉRENTS TYPES)
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2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
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|
# Enfin R a des listes (de vecteurs)
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list1 <- list(time = 1:40)
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list1$price = c(rnorm(40,.5*list1$time,4)) # random
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|
|
|
list1
|
|
|
|
# Vous pouvez obtenir des éléments de la liste comme ceci
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2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
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|
list1$time # une façon
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|
|
|
list1[["time"]] # une autre façon
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|
|
|
list1[[1]] # encore une façon différente
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
# =>
|
|
|
|
# [1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33
|
|
|
|
# [34] 34 35 36 37 38 39 40
|
|
|
|
# Vous pouvez subdiviser les éléments d'une liste comme n'importe quel vecteur
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|
|
list1$price[4]
|
|
|
|
|
|
|
|
# Les listes ne sont pas les structures de données les plus efficaces
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2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
# à utiliser avec R;
|
|
|
|
# À moins d'avoir une très bonne raison, vous devriez utiliser data.frames
|
|
|
|
# Les listes sont souvent retournées par des fonctions qui effectuent
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|
|
|
# des régressions linéaires
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
##########################################
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
# La famille de fonction apply()
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
##########################################
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
|
|
|
|
# Vous vous rappelez mat ?
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|
|
|
mat
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|
|
|
# =>
|
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# [,1] [,2]
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# [1,] 1 4
|
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|
|
# [2,] 2 5
|
|
|
|
# [3,] 3 6
|
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|
# Utilisez apply(X, MARGIN, FUN) pour appliquer la fonction FUN à la matrice X
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|
|
|
# sur les lignes (MAR = 1) ou les colonnes (MAR = 2)
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2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
# R exécute FUN à chaque lignes (ou colonnes) de X, beaucoup plus rapidement
|
|
|
|
# que le ferait une boucle for ou while
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2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
apply(mat, MAR = 2, jiggle)
|
|
|
|
# =>
|
|
|
|
# [,1] [,2]
|
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# [1,] 3 15
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# [2,] 7 19
|
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|
|
# [3,] 11 23
|
|
|
|
# D'autres fonctions : ?lapply, ?sapply
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
# Ne soyez pas trop intimidé ; tout le monde reconnaît que c'est un peu déroutant
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# Le paque plyr vise à remplacer (et améliorer !) la famille *apply().
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install.packages("plyr")
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require(plyr)
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|
?plyr
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|
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|
|
|
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
############################
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
# Charger des données
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
############################
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
|
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|
# "pets.csv" est un fichier sur internet
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# (mais il pourrait être tout aussi facilement sur votre ordinateur)
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pets <- read.csv("http://learnxinyminutes.com/docs/pets.csv")
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pets
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head(pets, 2) # first two rows
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|
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tail(pets, 1) # last row
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|
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
# Pour sauvegarder une data frame ou une matrice en fichier .csv
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2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
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|
write.csv(pets, "pets2.csv") # to make a new .csv file
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|
# définir le répertoire de travail avec setwd(), le récupérer avec getwd()
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|
# Essayez ?read.csv et ?write.csv pour plus d'informations
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2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
################
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
|
# Les tracés
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
################
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
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|
# LES FONCTIONS DE TRACÉS PRÉCONSTRUITES
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|
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|
# Les diagrammes de dispersion !
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|
plot(list1$time, list1$price, main = "fake data")
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|
# Les régressions !
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linearModel <- lm(price ~ time, data = list1)
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|
linearModel # sort le résultat de la régression
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|
# Tracer une ligne de regression sur une tracé existant
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abline(linearModel, col = "red")
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|
# Obtenir une variété de diagnostiques sympas
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plot(linearModel)
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|
# Les histogrammes !
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hist(rpois(n = 10000, lambda = 5), col = "thistle")
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|
# Les diagrammes en bâtons !
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|
barplot(c(1,4,5,1,2), names.arg = c("red","blue","purple","green","yellow"))
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|
# GGPLOT2
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|
# Mais ceux-ci ne sont même pas les plus jolis tracés de R
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2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
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|
# Essayez le paquet ggplot2 pour d'avantages de graphiques
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2014-12-07 03:47:25 +03:00
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install.packages("ggplot2")
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require(ggplot2)
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?ggplot2
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pp <- ggplot(students, aes(x=house))
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pp + geom_histogram()
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ll <- as.data.table(list1)
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pp <- ggplot(ll, aes(x=time,price))
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pp + geom_point()
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
# ggplot2 a une documentation excellente
|
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|
#(disponible sur http://docs.ggplot2.org/current/)
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2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
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|
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|
|
|
|
|
|
|
|
```
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|
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|
|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
|
|
## Comment j'obtiens R ?
|
2014-12-07 03:47:25 +03:00
|
|
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|
2015-05-04 03:44:23 +03:00
|
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* Obtiens R et R GUI depuis [http://www.r-project.org/](http://www.r-project.org/)
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* [RStudio](http://www.rstudio.com/ide/) est un autre GUI
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