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47b7ec8f59
@ -1,29 +1,29 @@
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# bedtools
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> Un coltellino svizzero di strumenti per analisi genomica.
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> Un coltellino svizzero di strumenti per una vasta gamma di operazioni di analisi genomica.
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> Usato per intersecare, raggruppare, convertire e contare dati in formato BAM, BED, GFF/GTF, VCF.
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> Maggiori informazioni: <https://bedtools.readthedocs.io>.
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- Interseca i fili genetici delle sequenze contenute in due file diversi e salva il risultato:
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- Interseca il file [a] ed il/i file [b] in base alla sequenza del filamento [s] e salva il risultato in un file specifico:
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`bedtools intersect -a {{percorso/del/file1}} -b {{percorso/del/file2}} -s > {{percorso/del/file_output}}`
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`bedtools intersect -a {{percorso/del/file_A}} -b {{percorso/del/file_B1 percorso/del/file_B2 ...}} -s > {{percorso/del/file_output}}`
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- Interseca due file unendo il risultato a sinistra, ovvero riporta ogni feature da `file1` e NULL dove non c'è sovrapposizione con `file2`:
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- Interseca 2 file in base a una [l]eft [o]uter [j]oin ovvero una unione d'insieme di dati ordinati in colonne che restituisce i dati della tabella di sinistra. Es: riporta ogni proprietà presente nel `file1` e NULL dove non c'è sovrapposizione con `file2`:
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`bedtools intersect -a {{percorso/del/file1}} -b {{percorso/del/file2}} -lof > {{percorso/del/file_output}}`
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`bedtools intersect -a {{percorso/del/file1}} -b {{percorso/del/file2}} -loj > {{percorso/del/file_output}}`
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- Usa un algoritmo più efficiente per intersecare due file precedentemente ordinati:
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`bedtools intersect -a {{percorso/del/file1}} -b {{percorso/del/file2}} -sorted > {{percorso/del/file_output}}`
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- Raggruppa file in base alle prime tre e la quinta colonna e raggruppa la sesta colonna sommandola:
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- Seleziona in un file le prime tre colonne e la quinta [c]olonna utilizzando la sesta colonna per ra[g]gruppare i dati al fine di poter calcolare tramite un'[o]perazione di addizione la somma delle colonne 1,2,3 e 5 per ciascun gruppo:
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`bedtools groupby -i {{percorso/del/file}} -c 1-3,5 -g 6 -o sum`
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- Converti da formato BAM a BED:
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- Converti un file in [i]nput formattato bam in un file formattato bed:
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`bedtools bamtobed -i {{percorso/del/file.bam}} > {{percorso/del/file.bed}}`
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- Trova per tutte le proprietà in `file1` la più vicina in `file2` e scrivi la loro distanza in una ulteriore colonna (i file in input devono essere ordinati):
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- Trova per tutte le proprietà presenti nel `file1.bed` la più vicina nel `file2.bed` e aggiunge la loro [d]istanza in una ulteriore colonna al risultato finale (i file in input devono essere ordinati):
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`bedtools closest -a {{percorso/del/file1.bed}} -b {{percorso/del/file2.bed}} -d`
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@ -1,28 +1,28 @@
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# boot
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> Strumenti di build per il linguaggio di programmazione Clojure.
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> Strumenti di implementazione per il linguaggio di programmazione Clojure.
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> Maggiori informazioni: <https://github.com/boot-clj/boot>.
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- Avvia una sessione REPL con il progetto o da sola:
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- Avvia una sessione REPL con il progetto o autonomamente (standalone):
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`boot repl`
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- Builda un singolo `uberjar`:
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- Implementa un singolo `uberjar`:
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`boot jar`
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- Mostra aiuto per un comando:
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- Genera lo scheletro di un nuovo progetto basato su un modello di codice esistente:
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`boot cljs --help`
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`boot --dependencies boot/new new --template {{nome_del_modello}} --name {{nome_del_progetto}}`
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- Genera le fondamenta per un nuovo progetto basandoti su una template:
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`boot --dependencies boot/new new --template {{nome_template}} --name {{nome_progetto}}`
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- Builda per development (se si sta utilizzando il template boot/new):
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- Implementa l'ambiente di sviluppo (se si sta utilizzando il modello di codice boot/new):
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`boot dev`
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- BUilda per produzione (se si sta utilizzando il template boot/new):
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- Implementa l'ambiente di produzione (se si sta utilizzando il modello di codice boot/new):
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`boot prod`
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- Mostra la descrizione di uno specifico comando:
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`boot {{task}} --help`
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@ -3,15 +3,15 @@
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> Un moderno player e gestore di librerie musicali.
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> Maggiori informazioni: <https://github.com/clementine-player/Clementine/wiki>.
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- Apri Clementine:
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- Avvia l'interfaccia grafica oppure lo mette in evidenza:
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`clementine`
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- Avvia la riproduzione di un file musicale:
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`clementine {{URL|percorso/del/file}}`
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`clementine {{url|percorso/del/file/music.ext}}`
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- Pausa o riprendi la riproduzione:
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- Pausa o riprende la riproduzione:
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`clementine --play-pause`
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@ -19,18 +19,18 @@
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`clementine --stop`
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- Passa alla prossima traccia:
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- Passa alla traccia successiva o precedente:
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`clementine --next`
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`clementine --{{next|previous}}`
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- Passa alla traccia precedente:
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- Crea una nuova playlist con uno o più file musicali oppure URL:
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`clementine --previous`
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`clementine --create {{url1 url2 ... | percorso/del/file/music1.ext percorso/del/file/music2.ext ...}}`
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- Carica un file playlist:
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- Carica una playlist:
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`clementine --load {{percorso/del/file_playlist}}`
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`clementine --load {{percorso/del/file/playlist.ext}}`
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- Riproduci la quinta traccia nella playlist attualmente caricata:
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- Riproduce una specifica traccia nella playlist caricata:
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`clementine --play-track {{5}}`
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@ -1,37 +1,37 @@
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# curl
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> Trasferisci dati da o ad un server.
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> Supporta molti protocollo, tra cui HTTP, FTP e POP3.
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> Supporta la maggior parte dei protocolli, tra cui HTTP, HTTPS, FTP, SCP, etc.
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> Maggiori informazioni: <https://curl.se/docs/manpage.html>.
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- Scarica il contenuto di un URL in un file:
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- Esegue una richiesta HTTP GET e stampa il contenuto in `stdout`:
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`curl {{http://example.com}} --output {{nome_file}}`
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`curl {{https://example.com}}`
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- Scarica un file, salvando l'output con lo stesso nome indicato nell'URL:
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- Esegue una richiesta HTTP GET, [L] segue eventuali reindirizzamenti `3xx` e [D] stampa il contenuto e la intestazione della risposta su `stdout`:
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`curl --remote-name {{http://example.com/nome_file}}`
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`curl --location --dump-header - {{https://example.com}}`
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- Scarica un file, seguendo reindirizzamenti, e continuando automaticamente (riprendendo) un trasferimento precedente:
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- Scarica un file salvando l'[O]utput con lo stesso nome indicato nell'URL:
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`curl --fail --remote-name --location --continue-at - {{http://example.com/nome_file}}`
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`curl --remote-name {{https://example.com/nome_file.zip}}`
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- Invia dati form-encoded (richiesta POST di tipo `application/x-www-form-urlencoded`):
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- Invia [d]ati form-encoded (con una richiesta POST di tipo `application/x-www-form-urlencoded`). Utilizza `--data @file_name` oppure `--data @'-'` per leggere da `stdin`:
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`curl --data {{'nome=mario'}} {{http://example.com/form}}`
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`curl -X POST --data {{'name=mario'}} {{http://example.com/form}}`
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- Invia una richiesta con un header aggiuntivo, utilizzando un metodo HTTP personalizzato:
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- Invia una richiesta con una intestazione aggiuntiva utilizzando un metodo HTTP personalizzato attraverso un pro[x]y (come BurpSuite) ignorando i certificati autofirmati non sicuri:
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`curl --header {{'X-Mio-Header: 123'}} --request {{PUT}} {{http://example.com}}`
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`curl -k --proxy {{http://127.0.0.1:8080}} --header {{'Authorization: Bearer token'}} --request {{GET|PUT|POST|DELETE|PATCH|...}} {{https://example.com}}`
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- Invia dati in formato JSON, specificando l'header content-type appropriato:
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- Invia dati in formato JSON, specificando la [H] intestazione content-type appropriata:
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`curl --data {{'{"nome":"mario"}'}} --header {{'Content-Type: application/json'}} {{http://example.com/utenti/1234}}`
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`curl --data {{'{"name":"mario"}'}} --header {{'Content-Type: application/json'}} {{http://example.com/users/1234}}`
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- Utilizza un nome utente ed una password per l'autenticazione con il server:
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- Invia il certificato client e la chiave per una risorsa omettendo la validazione del certificato:
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`curl --user {{utente}} {{http://example.com}}`
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`curl --cert {{cliente.pem}} --key {{chiave.pem}} --insecure {{https://example.com}}`
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- Utilizza un certificato ed richiedere per una chiave per una risorsa, ignorando la validazione dei certificati:
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- Risolve un hostname con un indirizzo IP personalizzato con un output [v] dettagliato (simile alla modifica del file `/etc/hosts` per la risoluzione di un DNS personalizzato):
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`curl --cert {{client.pem}} --key {{chiave.pem}} --insecure {{https://example.com}}`
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`curl --verbose --resolve {{example.com}}:{{80}}:{{127.0.0.1}} {{http://example.com}}`
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@ -9,8 +9,8 @@
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- Calcola la directory genitore di più percorsi:
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`dirname {{percorso/del/file_a}} {{percorso/della/directory_b}}`
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`dirname {{percorso/del/file_or_directory1 percorso/del/file_or_directory2 ...}}`
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- Delimita l'output con caratteri NUL invece di newline (utile in combinazione con `xargs`):
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- Delimita l'output utilizzando caratteri NUL invece di una nuova linea (utile in combinazione con `xargs`):
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`dirname --zero {{percorso/della/directory_a}} {{percorso/del/file_b}}`
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`dirname --zero {{percorso/del/file_or_directory1 percorso/del/file_or_directory2 ...}}`
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@ -11,19 +11,19 @@
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`git diff HEAD`
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- Mostra solo le modifiche nell'area di stage (aggiunte, ma non ancora committate):
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- Mostra solo le modifiche nell'area di stage (aggiunte, ma non ancora aggiunte ad un commit):
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`git diff --staged`
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- Mostra le modifiche di tutti i commit a partire da una certa data/ora (un'espressione temporale come "1 week 2 days" o una data ISO):
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- Mostra le modifiche di tutti i commit a partire da una certa data/ora (un'espressione temporale come ad esempio "1 week 2 days" o una data ISO):
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`git diff 'HEAD@{3 months|weeks|days|hours|seconds ago}'`
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- Mostra solo i nomi dei file modificati a partire da un dato commit:
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- Mostra le differenze tramite delle statistiche come quali file modificati o l'istogramma e il totale delle righe inserite/cancellate:
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`git diff --name-only {{commit}}`
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`git diff --stat {{commit}}`
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- Stampa un riepilogo dei file creati, rinominati o la cui modalità è cambiata a partire da un dato commit:
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- Mostra un riepilogo dei file creati, rinominati o la cui modalità è cambiata a partire da un dato commit:
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`git diff --summary {{commit}}`
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