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Salvatore Maria Italiano 2024-10-20 00:06:30 +02:00 committed by GitHub
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commit 47b7ec8f59
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GPG Key ID: B5690EEEBB952194
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@ -1,29 +1,29 @@
# bedtools
> Un coltellino svizzero di strumenti per analisi genomica.
> Un coltellino svizzero di strumenti per una vasta gamma di operazioni di analisi genomica.
> Usato per intersecare, raggruppare, convertire e contare dati in formato BAM, BED, GFF/GTF, VCF.
> Maggiori informazioni: <https://bedtools.readthedocs.io>.
- Interseca i fili genetici delle sequenze contenute in due file diversi e salva il risultato:
- Interseca il file [a] ed il/i file [b] in base alla sequenza del filamento [s] e salva il risultato in un file specifico:
`bedtools intersect -a {{percorso/del/file1}} -b {{percorso/del/file2}} -s > {{percorso/del/file_output}}`
`bedtools intersect -a {{percorso/del/file_A}} -b {{percorso/del/file_B1 percorso/del/file_B2 ...}} -s > {{percorso/del/file_output}}`
- Interseca due file unendo il risultato a sinistra, ovvero riporta ogni feature da `file1` e NULL dove non c'è sovrapposizione con `file2`:
- Interseca 2 file in base a una [l]eft [o]uter [j]oin ovvero una unione d'insieme di dati ordinati in colonne che restituisce i dati della tabella di sinistra. Es: riporta ogni proprietà presente nel `file1` e NULL dove non c'è sovrapposizione con `file2`:
`bedtools intersect -a {{percorso/del/file1}} -b {{percorso/del/file2}} -lof > {{percorso/del/file_output}}`
`bedtools intersect -a {{percorso/del/file1}} -b {{percorso/del/file2}} -loj > {{percorso/del/file_output}}`
- Usa un algoritmo più efficiente per intersecare due file precedentemente ordinati:
`bedtools intersect -a {{percorso/del/file1}} -b {{percorso/del/file2}} -sorted > {{percorso/del/file_output}}`
- Raggruppa file in base alle prime tre e la quinta colonna e raggruppa la sesta colonna sommandola:
- Seleziona in un file le prime tre colonne e la quinta [c]olonna utilizzando la sesta colonna per ra[g]gruppare i dati al fine di poter calcolare tramite un'[o]perazione di addizione la somma delle colonne 1,2,3 e 5 per ciascun gruppo:
`bedtools groupby -i {{percorso/del/file}} -c 1-3,5 -g 6 -o sum`
- Converti da formato BAM a BED:
- Converti un file in [i]nput formattato bam in un file formattato bed:
`bedtools bamtobed -i {{percorso/del/file.bam}} > {{percorso/del/file.bed}}`
- Trova per tutte le proprietà in `file1` la più vicina in `file2` e scrivi la loro distanza in una ulteriore colonna (i file in input devono essere ordinati):
- Trova per tutte le proprietà presenti nel `file1.bed` la più vicina nel `file2.bed` e aggiunge la loro [d]istanza in una ulteriore colonna al risultato finale (i file in input devono essere ordinati):
`bedtools closest -a {{percorso/del/file1.bed}} -b {{percorso/del/file2.bed}} -d`

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@ -1,28 +1,28 @@
# boot
> Strumenti di build per il linguaggio di programmazione Clojure.
> Strumenti di implementazione per il linguaggio di programmazione Clojure.
> Maggiori informazioni: <https://github.com/boot-clj/boot>.
- Avvia una sessione REPL con il progetto o da sola:
- Avvia una sessione REPL con il progetto o autonomamente (standalone):
`boot repl`
- Builda un singolo `uberjar`:
- Implementa un singolo `uberjar`:
`boot jar`
- Mostra aiuto per un comando:
- Genera lo scheletro di un nuovo progetto basato su un modello di codice esistente:
`boot cljs --help`
`boot --dependencies boot/new new --template {{nome_del_modello}} --name {{nome_del_progetto}}`
- Genera le fondamenta per un nuovo progetto basandoti su una template:
`boot --dependencies boot/new new --template {{nome_template}} --name {{nome_progetto}}`
- Builda per development (se si sta utilizzando il template boot/new):
- Implementa l'ambiente di sviluppo (se si sta utilizzando il modello di codice boot/new):
`boot dev`
- BUilda per produzione (se si sta utilizzando il template boot/new):
- Implementa l'ambiente di produzione (se si sta utilizzando il modello di codice boot/new):
`boot prod`
- Mostra la descrizione di uno specifico comando:
`boot {{task}} --help`

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@ -3,15 +3,15 @@
> Un moderno player e gestore di librerie musicali.
> Maggiori informazioni: <https://github.com/clementine-player/Clementine/wiki>.
- Apri Clementine:
- Avvia l'interfaccia grafica oppure lo mette in evidenza:
`clementine`
- Avvia la riproduzione di un file musicale:
`clementine {{URL|percorso/del/file}}`
`clementine {{url|percorso/del/file/music.ext}}`
- Pausa o riprendi la riproduzione:
- Pausa o riprende la riproduzione:
`clementine --play-pause`
@ -19,18 +19,18 @@
`clementine --stop`
- Passa alla prossima traccia:
- Passa alla traccia successiva o precedente:
`clementine --next`
`clementine --{{next|previous}}`
- Passa alla traccia precedente:
- Crea una nuova playlist con uno o più file musicali oppure URL:
`clementine --previous`
`clementine --create {{url1 url2 ... | percorso/del/file/music1.ext percorso/del/file/music2.ext ...}}`
- Carica un file playlist:
- Carica una playlist:
`clementine --load {{percorso/del/file_playlist}}`
`clementine --load {{percorso/del/file/playlist.ext}}`
- Riproduci la quinta traccia nella playlist attualmente caricata:
- Riproduce una specifica traccia nella playlist caricata:
`clementine --play-track {{5}}`

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@ -1,37 +1,37 @@
# curl
> Trasferisci dati da o ad un server.
> Supporta molti protocollo, tra cui HTTP, FTP e POP3.
> Supporta la maggior parte dei protocolli, tra cui HTTP, HTTPS, FTP, SCP, etc.
> Maggiori informazioni: <https://curl.se/docs/manpage.html>.
- Scarica il contenuto di un URL in un file:
- Esegue una richiesta HTTP GET e stampa il contenuto in `stdout`:
`curl {{http://example.com}} --output {{nome_file}}`
`curl {{https://example.com}}`
- Scarica un file, salvando l'output con lo stesso nome indicato nell'URL:
- Esegue una richiesta HTTP GET, [L] segue eventuali reindirizzamenti `3xx` e [D] stampa il contenuto e la intestazione della risposta su `stdout`:
`curl --remote-name {{http://example.com/nome_file}}`
`curl --location --dump-header - {{https://example.com}}`
- Scarica un file, seguendo reindirizzamenti, e continuando automaticamente (riprendendo) un trasferimento precedente:
- Scarica un file salvando l'[O]utput con lo stesso nome indicato nell'URL:
`curl --fail --remote-name --location --continue-at - {{http://example.com/nome_file}}`
`curl --remote-name {{https://example.com/nome_file.zip}}`
- Invia dati form-encoded (richiesta POST di tipo `application/x-www-form-urlencoded`):
- Invia [d]ati form-encoded (con una richiesta POST di tipo `application/x-www-form-urlencoded`). Utilizza `--data @file_name` oppure `--data @'-'` per leggere da `stdin`:
`curl --data {{'nome=mario'}} {{http://example.com/form}}`
`curl -X POST --data {{'name=mario'}} {{http://example.com/form}}`
- Invia una richiesta con un header aggiuntivo, utilizzando un metodo HTTP personalizzato:
- Invia una richiesta con una intestazione aggiuntiva utilizzando un metodo HTTP personalizzato attraverso un pro[x]y (come BurpSuite) ignorando i certificati autofirmati non sicuri:
`curl --header {{'X-Mio-Header: 123'}} --request {{PUT}} {{http://example.com}}`
`curl -k --proxy {{http://127.0.0.1:8080}} --header {{'Authorization: Bearer token'}} --request {{GET|PUT|POST|DELETE|PATCH|...}} {{https://example.com}}`
- Invia dati in formato JSON, specificando l'header content-type appropriato:
- Invia dati in formato JSON, specificando la [H] intestazione content-type appropriata:
`curl --data {{'{"nome":"mario"}'}} --header {{'Content-Type: application/json'}} {{http://example.com/utenti/1234}}`
`curl --data {{'{"name":"mario"}'}} --header {{'Content-Type: application/json'}} {{http://example.com/users/1234}}`
- Utilizza un nome utente ed una password per l'autenticazione con il server:
- Invia il certificato client e la chiave per una risorsa omettendo la validazione del certificato:
`curl --user {{utente}} {{http://example.com}}`
`curl --cert {{cliente.pem}} --key {{chiave.pem}} --insecure {{https://example.com}}`
- Utilizza un certificato ed richiedere per una chiave per una risorsa, ignorando la validazione dei certificati:
- Risolve un hostname con un indirizzo IP personalizzato con un output [v] dettagliato (simile alla modifica del file `/etc/hosts` per la risoluzione di un DNS personalizzato):
`curl --cert {{client.pem}} --key {{chiave.pem}} --insecure {{https://example.com}}`
`curl --verbose --resolve {{example.com}}:{{80}}:{{127.0.0.1}} {{http://example.com}}`

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@ -9,8 +9,8 @@
- Calcola la directory genitore di più percorsi:
`dirname {{percorso/del/file_a}} {{percorso/della/directory_b}}`
`dirname {{percorso/del/file_or_directory1 percorso/del/file_or_directory2 ...}}`
- Delimita l'output con caratteri NUL invece di newline (utile in combinazione con `xargs`):
- Delimita l'output utilizzando caratteri NUL invece di una nuova linea (utile in combinazione con `xargs`):
`dirname --zero {{percorso/della/directory_a}} {{percorso/del/file_b}}`
`dirname --zero {{percorso/del/file_or_directory1 percorso/del/file_or_directory2 ...}}`

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@ -11,19 +11,19 @@
`git diff HEAD`
- Mostra solo le modifiche nell'area di stage (aggiunte, ma non ancora committate):
- Mostra solo le modifiche nell'area di stage (aggiunte, ma non ancora aggiunte ad un commit):
`git diff --staged`
- Mostra le modifiche di tutti i commit a partire da una certa data/ora (un'espressione temporale come "1 week 2 days" o una data ISO):
- Mostra le modifiche di tutti i commit a partire da una certa data/ora (un'espressione temporale come ad esempio "1 week 2 days" o una data ISO):
`git diff 'HEAD@{3 months|weeks|days|hours|seconds ago}'`
- Mostra solo i nomi dei file modificati a partire da un dato commit:
- Mostra le differenze tramite delle statistiche come quali file modificati o l'istogramma e il totale delle righe inserite/cancellate:
`git diff --name-only {{commit}}`
`git diff --stat {{commit}}`
- Stampa un riepilogo dei file creati, rinominati o la cui modalità è cambiata a partire da un dato commit:
- Mostra un riepilogo dei file creati, rinominati o la cui modalità è cambiata a partire da un dato commit:
`git diff --summary {{commit}}`